Mae gyda Sir Benfro dri chyfleuster porthladd masnachol, sef Abergwaun, Doc Penfro ac Aberdaugleddau (Saesneg yn unig). Mae swyddogaeth porthladdoedd Abergwaun a Doc Penfro wedi cynyddu wrth i'r cysylltiadau masnachol rhwng Iwerddon, Prydain a thir mawr Ewrop gryfhau. Ar hyn o bryd mae oddeutu 1.3 miliwn o deithwyr yn teithio trwy'r ddau borthladd.